幹燥綜合征是一種自身免疫性的外分泌病，致病因素可能是多方面的，涉及遺傳、免疫、性激素和感染等。其免疫調節紊亂有兩大特點，一是外分泌腺體有慢性的淋巴細胞浸潤，二是B淋巴細胞的活性是高度活躍的，導致產生許多的循環抗體和免疫復合物。幹燥綜合征唾液腺進入的淋巴細胞，已活化的T輔助亞群為主體，T抑制細胞減少，合成瞭單克隆的免疫球蛋白，NK細胞缺乏。腺上皮細胞表達人類白細胞抗原b2明顯升高。研究發現，主要的組織相容性基因是幹燥綜合征的遺傳標志，但是這些基因及其產物對發生幹燥綜合征會起到促進作用，並非原始的啟動作用。病毒感染的研究涉及到EB病毒、巨細胞病毒、人類皰疹病毒和免疫缺陷病毒，其中的EB病毒與幹燥綜合征的發病的關系受到重視，以至正常成人的唾液腺可有EB病毒的潛伏，EB病毒可以誘導機體強烈的T細胞反應，並活化B細胞，在體外可以誘導B細胞或者類風濕因子和抗核抗體，EB病毒的感染在幹燥綜合征的發病當中可能占有特殊的地位。病因學的研究顯示原發性幹燥綜合征和繼發性幹燥綜合征，很可能不是兩種相似的疾病，但是病因完全不同，兩者從病毒的生長狀態、遺傳標記和自身抗體的頻率，以及臨床表現方面均有明顯的不同。推測繼發性幹燥綜合征的口幹、眼幹和合並的結締組織病變的一部分癥狀，可能是在結締組織病的基礎上，由其他病毒感染造成的。總之，盡管原發性幹燥綜合征和繼發性幹燥綜合征有某些相似之處，但不能視為是完全相同的疾病。