1、危害人體健康，水污染直接影響飲用水源的水質。當飲用水源受到合成有機物污染時,將導致腹水、腹瀉、肝炎、胃癌、肝癌等疾病的發生。與不潔的水接觸也會染上如皮膚病、沙眼、血吸蟲、鉤蟲等疾病。廢水中的某些有毒有害物質,即使數量不多,甚至難以檢測出來,但由於動植物的富集作用和人體自身的積累作用,仍然可以對人體造成致命的危害。
2、降低農作物的產量和質量，江河湖泊中的水常是農田灌溉水源,一旦這些水體受到污染,水中的有毒有害物質將污染農田土壤,被作物吸收並殘留在作物體內。一方面造成作物枯萎死亡,產量下降;另一方面,作物的品質也會有不同程度的下降,如污染物超標,蛋白質、氨基酸和維生素等營養物質含量降低,使蔬菜產生異味等。
3、影響漁業生產，漁業生產與水質緊密相關。水污染而造成淡水漁場魚類大面積死亡的事故常有發生。一些污染嚴重的河段魚蝦已經絕跡。水污染還會使魚類和水生生物發生變異,有毒物質在魚類體內積累,食用價值大大降低。
4、制約工業的發展，很多工業(如食品、紡織、造紙和電鍍等)需要用水,水質的惡化將直接影響產品質量。如水質差的冷卻水會造成水循環系的堵塞、腐蝕和結垢,硬度高的水會影響鍋爐的壽命和安全。
5、加速生態環境的退化和破壞，水污染除瞭對水體中的水生生物有危害外,對水體周圍生態環境也有影響。污染後水體感觀變差,散發臭氣,水中的污染物對周圍生物產生毒害作用,生物死亡,造成生態環境的退化和破壞。
6、造成經濟損失，水污染使環境喪失原有部分或全部功能,造成環境的降級貶值,對人類的生存和經濟的發展都帶來危害,將這些危害貨幣化即為水污染造成的經濟損失。如人體健康受到危害將減少勞動力,降低勞動生產率,疾病多發需支付更多的醫藥費,魚類減產或質量變差則直接造成經濟損失,生態環境的污染治理和修復費用都隨著污染的加重而增加。
