1、藥劑處理：50%和穗安可濕性粉劑、25%粉銹寧可濕性粉劑、40%拌種雙可濕性粉劑，用種子量的0.2%拌種均能收到良好效果。上述處理後的種子和包衣劑混合然後拌種，可以提高防治效果。有些藥劑在拌種時註意不要超過規定量，以免發生藥害。
2、生理殺菌處理：用生石灰和消石灰0.5公斤，加清水50公斤，可浸麥種30—50公斤，水溫在20℃時浸3—4天，25℃時浸2—3天，35℃時隻需1天。浸完後晾幹播種。此方法操作簡便，取材容易，效力也很高，明顯優於溫湯浸種。在浸種過程中，麥種不易不過多，以種子厚度2尺為宜，以防底部種子發熱黴變。
3、繁殖無病種子：在良種場或種子繁殖基地繁殖無病種子。種田距離大田至少在100米以外，所用種子，必須經過嚴格的處理，保證全部無病。做好無病種子的繁殖工作是防治此病的根本措施，可以免去種子處理的繁重工作。
4、選育抗病品種：小麥散黑穗病菌生理小種變異速度較為緩慢，小麥對散黑穗病抗性是單基因顯性遺傳，抗原也豐富，有利於抗原品種的選育。在選育抗病品種中，可以利用病菌不能進入胚內，或進入胚內但在分生組織發育上有差異，以及閉花授粉避病的特點進行選育工作。
在選育小麥新品種的過程中，除針對當地流行性強，毀滅性大的病害外，同時也應將抗散黑穗病作為一項選育指標，以供品種決選時參考。
