1、科屬區別。芥菜時十字花科蕓苔屬一年生草本植物，別稱蓋菜、芥、掛菜，在我國各地皆有栽培，葉片可供鹽醃供食用，而種子和全草可供藥用。而薺菜是十字花科薺屬一年生或二年生草本植物，別稱薺薺菜、地丁菜、地菜、花花菜、菱角菜等，多為野生，現如今也有地區少量的栽培，它的根系也可藥。
2、外形區別。芥菜莖直立，有分枝，可高達30-150厘米，它的品種比較多，有時幼莖和葉具有刺毛，靠近聞之有一股獨特的辣味。它的葉片寬卵形至倒卵形，邊緣有有缺刻和牙齒，有所為圓鈍鋸齒狀。而薺菜多分枝，莖較細，葉子都呈分散的片狀，邊緣帶有據齒，味道比較獨特，很多時候如果沒有好的分辨方法，可以通過味道來區別它們。
3、營養價值區別。它們在營養上的區別也比較大，芥菜富含維生素A、維生素B、維生素C、胡蘿卜素，以及含有鉀、鈣、磷等微量元素，對人體的益處極大。而薺菜富含膳食纖維，還有多種維生素和礦物質，另外還含有膽堿、乙酸膽堿、芥菜堿、黃酮類等成分，這些物質能治療多種疾病。
4、功效區別。上面說過它們除瞭食用價值外，還可以入藥，芥菜具有提神醒腦，解除疲勞的功效，此外還有消腫解毒、化痰平喘。預防多種疾病的作用。而薺菜的功效更為強大，具有和脾、利水、止血、明目的功效，由於富含膳食纖維，能促進腸胃蠕動，預防多種疾病，還含有多種生物堿，能預防癌癥、將血壓。
總的來說，芥菜價格不一，具體的可去當地市場查看。此外，芥菜和薺菜雖都是十字花科植物，但二者在外形、功效和應用價值上都存在一定差異，所以選購時要註意。
