1、豆子的清洗與挑選:挑揀並去除異物、蟲眼豆、未熟豆、表皮不完整的黃豆。把黃豆洗幹凈，註意不要太用力，要保證黃豆的表皮是完整的。
2、豆子的浸泡:將黃豆放進容器裡，按照1：3的比例加水侵泡黃豆，充分浸泡12～15個小時（夏天10個小時左右）。在浸泡豆子的時要放在陰涼的地方，泡發黃豆到原來的2倍最好。
3、拌料:浸泡後的豆子，用篦子等工具，將水控幹。舀納豆菌培養基（1小勺糖和半勺味精）倒入浸泡洗凈後的豆子中，攪拌均勻。1小勺=5g。
4、蒸熟:將泡好的豆子大火蒸5分鐘,小火90分鐘左右。豆子熟透為止。
5、納豆菌的接種:趁熱將蒸煮好的大豆連同豆汁一起移至清洗並沸水澆燙後的大碗中，上下翻動，冷卻到45°度。打開一粒納豆菌膠囊，取4分之1的量，用20ml冷開水溶開，倒入蒸好的豆子中3—5滴，用無菌筷或勺充分攪拌均勻，蓋上濕紗佈，（防止發酵時水滴落入納豆），放入酸奶機中，內膽的蓋子不用蓋，蓋上機子外面的蓋子。並露一角紗佈在外面，便於空氣的流通。
6、發酵:打開酸奶機電源，保溫40℃左右，恒溫保持20-24個小時進行充分發酵（夏季發酵時間大約為16-20個小時），發酵時間由個人而定，標準為納豆攪拌一下能拉出很多絲。發酵完成後，還要將納豆放進冰箱內冷藏一晚，進行熟成，做好的納豆無論是外觀還是口感都會更好。
