1、培養時應根據細菌種類和目的等選擇培養方法、培養基，制定培養條件（溫度、pH值、時間，對氧的需求與否等）。一般操作步驟為先將標本接種於固體培養基上，做分離培養。再進一步對所得單個菌落進行形態、生化及血清學反應鑒定。培養基常用牛肉湯、蛋白腖、氯化鈉、葡萄糖、血液等和某些細菌所需的特殊物質配制成液體、半固體、固體等。一般細菌可在有氧條件下，37℃中放18～24小時生長。厭氧菌則需在無氧環境中放2～3天後生長。個別細菌如結核菌要培養1個月之久。
2、由於細菌無處不在，因此從制備培養基時開始，整個培養過程必須按無菌操作要求進行，否則外界細菌污染標本，會導致錯誤結果；而培養的致病菌一旦污染環境，就會引起交叉感染。以疾病診斷為目的進行的培養，要選擇合適的標本（血、尿、便、膿液、分泌物等），並應結合臨床情況解釋所得結果。
3、以光合細菌培養方法為例。光合細菌培養的方法，按次序分為容器、工具的消毒，培養基的制備，接種和培養管理四個步驟。
4、如果培養的光合細菌是淡水種，菌種培養可用蒸餾水，生產培養可用消毒的自來水（或井水）配制。如果培養的光合細菌是海水種，則用天然海水配制培養基，註意在海水中加入磷元素時，不能用磷酸氫二鉀，應用磷酸二氫鉀，不然會產生大量沉淀。
5、滅菌和消毒菌種培養用的培養基應連同培養容器用高壓蒸氣滅菌鍋滅菌。小型生產性培養可把配好的培養液用普通鋁鍋或大型三角燒瓶煮沸消毒。大型生產性培養則把經沉淀砂濾後的水用漂白粉（或漂白液）消毒後使用。
6、培養基配制根據所培養種類的營養需要選擇合適的培養基配方。按培養基配方把所需物質稱量，逐一溶解，混合，配成培養基。也可先配成母液，使用時按比例加入一定的量即可。
7、接種培養基配好後，應立即進行接種。光合細菌生產性培養的按種量比較高，一般為20%～50%，即菌種母液量和新配培養液雖之比為1∶4～1∶1，不應低於20%，尤其是微氣培養，接種量更應高些，否則光合細菌在培養液中很難占絕對優勢，影響培養的最終產量和質量。
8、培養管理光合細菌的培養過程中，管理工作包括日常管理操作和測試，生長情況的觀察、檢查以及出現問題的分析處理等三個方面。
