1、井底低溫貯藏將要貯藏的試管母種，用無菌橡皮塞蘸石蠟封口，裝入密閉的廣口瓶或塑料袋中紮緊，沉入井底貯藏，可貯藏2～5個月。
2、石蠟封口貯藏把蠟紙裁成6～8厘米見方，放入75%酒精中浸泡l分鐘。將已培養好試管種的管口在酒精燈火焰上方旋轉滅菌後，用鑷子取出蠟紙，紮緊管口。再將包好蠟紙的管口浸入熔化的石蠟中，將蠟紙完全浸入，使蠟紙緊緊封包在管壁上，絕不漏氣。待石蠟冷卻凝固後，置冰箱或室溫下保存。
3、玻璃紙封口貯藏用明膠15克（粘合劑），硫酸銅2克，美藍1～2滴（指示劑），溶於100毫升熱水中，配制成封口劑。將新長滿的母種拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口劑，貼上用95%酒精浸泡過的玻璃紙，用石蠟熔封。在室溫下，菌種至少可保存8個月，並能防止黴菌或蟎的浸染。在斜面註入無菌礦油（液體石蠟），可大大延長貯藏時間。
4、廄肥貯藏此法適合貯藏雙孢菇等草腐菌類。將腐熟牛糞等堆肥曬幹、打碎，取300克幹堆肥，用5毫米孔徑篩過篩，加1000毫升水調濕，裝入試管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕壓力下滅菌2小時。確認無菌後，接種，菌絲長滿後，放在3℃冰箱內貯藏，每隔2年移植一次。在長期貯藏中，如培養基失水，應將貯藏菌種及時接種在瓊脂斜面上進行活化，再繼續保存。此法連續貯藏4年後，其生產性狀未出現明顯變化。
