1、用於胃腸濕熱,瀉痢嘔吐。本品大苦大寒,清熱燥濕之力勝於黃芩,尤長於清中焦濕熱,火毒鬱結,用於濕熱中阻,氣機不暢,脘腹痞滿,惡心嘔吐,一般以黃芩、幹薑、半夏等同用,治濕熱瀉痢,輕者單用即有效。若瀉痢腹痛,裡急後重,與木香同用,如香連丸。若瀉痢身熱者,配伍葛根、黃芩、甘草等也能起到很好的療效。如果下利膿血,又可以配伍當歸、白芍、木香等。
2、用於熱盛火熾,高熱煩躁,本品瀉火解毒,尤善清心經實火,若三焦熱盛,高熱煩躁,一般以黃芩、黃柏、梔子等清熱藥物相須為用,如黃連解毒湯。若熱邪熾盛,陰液已傷,水虧火炎,心煩不眠,常配黃連、白芍、阿膠等,如黃連阿膠湯。
3、用於癰疽疔毒,皮膚濕瘡,耳目腫痛。本品清熱燥濕,瀉火解毒,用於治療癰腫疔毒,多與黃芩、梔子、連翹等清熱藥物同用。治療皮膚瘡,也可以用黃連制成軟膏,外敷。