1、股東出資義務及對應的風險。根據《公司法》以及其他相關法律法規，股東的主要責任為向公司履行出資義務。如信托公司作為目標公司股東按照認繳出資進行實繳，則信托公司僅以出資額對目標公司債務承擔有限責任。若公司出現經濟糾紛或者虧損、破產等情況，從法律角度講，信托公司作為股東無需承擔補足性的法律責任，即可能會全是信托本金，但不涉及其他財產。
2、目標公司經營經營管理責任及對應的風險。根據法律法規，股東須承擔除瞭出資額以外責任的情況主要有以下幾點：
3、股東濫用股東權利給公司或者其他股東造成損失的。
4、股東濫用公司法人獨立地位和股東有限責任。逃避債務，嚴重損害公司債權人利益的。
5、公司的控股股東、實際控制人、董事、監事、高級管理人員利用其關聯關系損害公司利益的。基於以上規定，如果信托公司作為投資目標公司的控股股東或委派董事監高人員，如果公司出現以上情況則信托公司可能將承擔除瞭出資額以外的經濟賠償責任。而股權代持情況下，信托公司及委派人員沒有客觀條件和主觀動機去違反法律法規及公司章程以侵害公司、其他股東及債權人利益，所以也較難出現信托公司要承擔除出資外的連帶賠償責任情況。
6、刑事責任風險。根據《刑法》中關於單位犯罪的規定，若信托公司所投資的目標公司在經營過程中存在單位犯罪情形的，參與該單位犯罪的主體需要承擔相應的法律責任，在此過程中，作為目標公司的法定代表人、財務負責人或者具體的經營管理者都可能會牽涉其中。與前述管理責任類似，信托公司信托持股情況下，較難具備股東承擔刑事責任的構成要件。
7、聲譽風險、政策風險。在股權代持項目中，信托公司作為名義股東，若項目公司在實際經營過程中出現資不抵債、法律糾紛等事宜時，屆時社會媒體、輿論等可能會擴大對信托公司的負面影響，給其造成的聲譽損失難以避免。作為信托公司，聲譽風險帶來的隱形損失難以估計。另外，政府機關機也可能因維穩等目標，要求信托公司履行一定法律外義務，給其造成損失。聲譽風險、政策風險是信托公司股權代持業務不可預見的、最大的風險。信托持股之所以會被采用，主要還是源於其保密性和法律限制性等，對於其信托對象可以是公司，可以是個人，而對信托持股問題的處理，可以解決相關潛在的糾紛，這也是減小信托持股風險的一種手段。
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